Der Kirchturm, mit 68,5 m der höchste in der Grazer Innenstadt, war gar nicht als solcher geplant, da die Franziskaner als Bettelorden nur einen ‚Dachreiter’ als Glockentürmchen haben durften.
Eine historische Darstellung des Klosters von 1626 zeigt auch noch deutlich den Dachreiter am Südgiebel des Hochchores, ein gemauertes oktagonales Türmchen. Heute noch kann man an der Innenseite der Giebelmauer den steinernen Ansatz des Glockentürmchens sehen; die an der Nordseite zwischen Langhaus und Hochchor erhaltene Stein-Wendeltreppe war ausschließlich als Zugang zum Glockentürmchen
gebaut worden, da die kleinen Glocken oben mehrmals täglich von Hand geläutet werden mussten.

Tatsächlich war es der kaiserliche Kriegsrat, der 1636 an der Westfassade der Kirche einen massiven fünfstöckigen Wehrturm erbauen ließ. Mit einem quadratischen Grundriss direkt in der Linie der inneren Stadmauer sollte er - nahe dem äußeren Murtor – zur Verstärkung der Brückenbefestigung und des Stadtgrabens dienen.
Erst auf dringenden Wunsch der Grazer Bürger – und eigentlich gegen den Willen der Franziskaner – wurde bis 1643 ein stolzer achteckiger Glockenturm mit toskanischen Eckpilastern daraufgesetzt.
Ursprünglich hatte das Turmdach die Form einer „Karotte“; in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde sie durch die heute noch erhaltene barocke „Zwiebelhaube“ ersetzt.

In der Turmbasis wurde 1648 die Totenkapelle eingerichtet. Es gab keinen Zugang von außen. Erst im Jahre 1783 wurde mit dem Westtor die Turmbasis zur Eingangshalle umgewandelt und 1894 mit dem neugotischen Portal der Haupteingang in die Kirche geschaffen.

In den beiden oberen Turmkammern waren je eine größere und zwei kleinere Glocken aufgehängt. Anlässlich der beiden Weltkriege mussten die Glocken für Rüstungszwecke abgeliefert und eingeschmolzen werden. So ist heute nur noch die große Antonius-Glocke vorhanden, die 1829 von Johann Feltl gegossen wurde. Sie hat ein Gewicht von über 2 Tonnen, einen Durchmesser von 140 cm und ist auf den Ton G gestimmt.