Ursprünglich besaß die Franziskanerkirche nur eine Chororgel im Hochchor, und zwar hinter dem Hochaltar unter den 3 Scheitelfenstern.

Erst um 1784 wurde der Hochaltar an die Stirnwand des Presbyteriums zurückversetzt und eine Orgel auf der Westempore geplant. Der Elsässer Orgelbauer Ludwig Gress, der 1780 die Witwe des Grazer Orgelbauers Caspar Mitterreither geheiratet und somit auch dessen Werkstatt übernommen hatte, erhielt 1785 den Aufftrag dazu. Diese erste Orgel hatte ein barockes Gehäuse, welches nur mehr auf einer Skizze von 1800 zu sehen ist.

Im Jahr 1858 wurde die inzwischen überalterte Orgel abgetragen und durch eine neue vom Orgelbauer Mathias Mauracher und dessen Sohn aus Zell am Ziller ersetzt. Auf dem Sims des neogotischen Gehäuses wurden Statuen des Bildhauers Jakob Gschiel montiert. (Es handelt sich dabei um eine Heilige Caecilie mit Orgelpositiv, einen Harfe spielenden König David und 5 musizierende Engel, welche heute auf die Balustrade der Orgelempore zieren.)

Da diese Orgel sehr reparaturanfällig war, schien ein Austausch der Mechanik notwendig. 1885 erhielt der Orgelbauer Franz Gorsić aus Laibach den Auftrag zum Bau eines neuen Orgelwerks. Das neogotische Gehäuse wurde zwar beibehalten, aber in der Mitte getrennt und zu beiden Seiten neu aufgestellt.

Im Jahr 1932 erhält die Orgel erstmals einen elektrischen Gebläsemotor, wodurch keine Blasbalgtreter (oder Kalkanten) mehr benötigt wurden.

Diese Erneuerung führte die Orgelbaufirma Konrad Hopferwiesers aus Graz durch, welche die Orgel von 1919 bis 1965 betreute und auch im Umfang vergrößerte.

Im Zuge der ersten Renovierungs- und Umbauphase in Kirche und Kloster im Jahre 2002 wurde ein Orgelneubau angestrebt und auch ausgeschrieben. Die Orgelbaufirma Alexander Schuke aus Potsdam erhielt schließlich den Auftrag und führte ihn zu aller Zufriedenheit aus.

Das moderne Gehäuse gliedert sich bestens in die Rippenstruktur des gotischen Deckengewölbes ein.

 Am 7. Dezember 2004 fand die Weihe der neuen Orgel statt.

Englisch Zinn = 96% Zinn für Prospektpfeifen und 85% Zinn für Innenpfeifen, bzw. Spuren von Kupfer, Silber und Wismut.

Orgelmetall = 33% Zinn und 67% Blei bzw. Spuren von Kupfer, Silber und Wismut zur Stabilisierung des Metalls

Die großen Pfeifen sind nach oben hin ausgedünnt. Alles Pfeifenwerk ist auf Länge geschnitten

Winddruck: 75 mm WS

Temperatur nach Neidhard „Große Stadt“