Bei einem Angriff der alliierten Luftstreitkräfte auf Graz wurde am 19. 2. 1945 der Hochchor der Franziskanerkirche durch einen Bombentreffer schwer beschädigt. Die linke (d.h. nördliche) Hälfte stürzte im Bereich des 3. und 4. Fensters ein. Alle Fenster und die gesamte neugotische Einrichtung, besonders der geschnitzte Hochaltar von 1882, wurden völlig zerstört.
Die Gottesdienste feierte man bis zum Jahr 1955 provisorisch im Langhaus vor dem mit einer Bretterwand am Triumphbogen abgeschlossenem Chor.
1956 wird die steinerne Kanzel von Prof. Hans Mauracher angebracht (heute als Ambo neben dem Volksaltar aufgestellt).
1957 wird das Grauguss-Kruzifix des bedeutenden Bildhauers Alexander Silveri am Hochaltar aufgerichtet.
1960 schließlich wurden die drei Scheitelfenster für den Hochchor von Prof. Franz Felfer geschaffen.
Die Seitenfenster des Chores wurden in den Jahre 1982-1988 von Sr. Basilia Gürth OSB entworfen und im Kloster Schlierbach ausgeführt.
1982 wurde der gesamte Altarraum nach den Empfehlungen des 2. Vatikanischen Konzils umgestaltet und erhielt sein heutiges Aussehen.
